منطقه حفاظت شده مراکان در جنوب سواحل رودخانه ارس و در شهرستان خوی قرار دارد .
مرز شمالی این منطقه رودخانه مرزی ارس و جمهوری آذربایجان است.
این منطقه از شمال به رودخانه ارس ، از جنوب به دشت فرسایشی رودخانه قطور چای ، از غرب به دشتهای کشاورزی قره ضیاالدین و از شرق به جاده اصلی که از جلفا منشعب شده و به سمت جنوب ادامه می‌یابد در امتداد خط لوله گاز محدود می‌شود . سد ارس در بخش شمال غربی منطقه واقع شده است .
حداقل ارتفاع منطقه 720 متر در بخش شرقی منطقه و حداکثر ارتفاع منطقه 2100 متر در ارتفاعات کلیسای سنت استپانوس قرار دارد . به طور کلی دور تا دور منطقه حالت دشت و تپه ماهور بوده و ارتفاعات منطقه در بخش میانی آن قرار دارد.
در تاریخ 20/7/1344 مراکان و یکانات بعنوان منطقه حفاظت شده تصویب گردید و پس از آگهی تحت حفاظت قرار گرفت .
در سال 1346 منطقه یکانات از مراکان جدا شد و مراکان با وسعتی معادل 92715 هکتار بر اساس مصوبه شماره یک شورای عالی شکاربانی و نظارت بر صید در تاریخ 2/6/1346 بعنوان منطقه حفاظت شده به تصویب رسید .
تا قبل از سال 1346 به علت چرای بی رویه احشام ، قطع اشجار ، شکار غیر قانونی و تبدیل علفزارها به زمین‌های کشاورزی ، تخریب اراضی مختلف منطقه به شدت رو به فزونی گشت ولی در سال 1346 پس از برخورداری از عنوان حفاظت شده و سعی و کوشش شکاربانان پوشش گیاهی منطقه احیا گردید. منطقه
حفاظت شده مراکان خوی بعنوان مهمترین و زیباترین منطقه اکوتوریسم با 103هزار و 983 هکتار مساحت از قدیمی‌ترین مناطق چهارگانه سازمان حفاظت محیط زیست است.
این منطقه بر اساس مصوبه شماره 220 شورایعالی حفاظت محیط زیست در تاریخ25/7/1380 به مساحت11435 هکتار تحت حفاظت قرار گرفت .
در منطقه حفاظت شده مراکان 28 گونه از 12 خانواده در 5 راسته پستاندار شناسایی شده است که شاخصترین آنها عبارتند از : قوچ و میش ارمنی ، کل و بز ، پلنگ ، سیاه گوش ، هامستر خاکستری.
تاکنون در این منطقه 128 گونه پرنده متعلق به 34 خانواده مورد شناسایی قرار گرفته است که از عمده‌ترین آنها می‌توان هما ، عقاب طلایی ، بالابان ، کبک دری ، کبک چیل ، کرکس مصری ، دال می‌باشند .
تاکنون 34 گونه از خزندگان و ماهیان منطقه مورد شناسایی قرار گرفته است که از مهمترین آنها می‌توان به افعی البرزی ، لاک پشت مهمیزدار غربی ، ماهی اسبله و … اشاره کرد
سیمای کلی منطقه جنگلی – کوهستانی است که رودخانه زاب از وسط آن می‌گذرد . حداقل ارتفاع منطقه در بستر رودخانه زاب 1300 متر و حداکثر ارتفاع منطقه 1852 متر در قله کوه حاج متک میباشد .
علاوه بر اجتماع درختان بلوط که 70 درصد پوشش جنگلی منطقه را تشکیل می‌دهد ، اجتماعات کوچکی از ولیک ، زالزالک ، بنه ، کیکم ، گردو ، بادام وحشی و بعضاً سماق در منطقه قابل مشاهده است . همچنین تک درختان سیب ، گلابی ، گوجه وحشی و نسترن نیز در منطقه بچشم می‌خورد .
منطقه حفاظت شده مراکان از لحاظ پوشش گیاهی دارای 10 تیپ اصلی و مقداری اراضی زراعی ،جنگلی ،صخرهای و شهری میباشد.پوشش گیاهی منطقه از پراکندگی خاصی در نقاط مختلف آن برخوردار بوده بطوریکه در بخشهای گرم ،تپه ماهور ،در شیب‌های ملایم و غیر صخره ای ترکیبی از جوامع علفی و گراس‌های مختلف نظیر استیپا ،پوا ،مرغ ،جودوسر ،و آگروپیرون معمولا همراه با رویش گونه‌های درمنه تشکیل شده است در سایر مناطق به ویژه در نقاط مرتفع ،انواع گونه‌های خشک ،خاردار و پشته ای نظیر گون‌ها ،چوبک و کلاه میر حسن با گونه‌های علفی همراه می‌شوند .در پاره ای از نقاط آن فقط گونه درمنه با گونه‌های علفی همراه دارد.در کوهپایه‌ها و درههای نقاط مختلف منطقه ،مخصوصا در ارتفاعات شمالی و مرکزی درختچه هایی نظیر شیر خشت ،رامنوس ،نارون ،گلابی وحشی ،کاهی بنه و نسترن وحشی به چشم می‌خورد .جوامع گز در کناره‌های رودخانه ارس و گونه قیچ غالبا در غرب دره شام از گویسال تا آق بلاغ بطور پراکنده دیده می‌شود.
در اکثر درههای پرآب، اجتماعات بزرگ گردو شکوه خاصی به منطقه بخشیده است. همچنین در کنار و حاشیه رودخانه‌ها اجتماعات بید و زبان گنجشک و تبریزی نیز یافت می‌شوند.
خرس قهوه ای، سنجاب ایرانی، گراز، گرگ، خرگوش، لک لک سفید، کشیم بزرگ، شاه بوف، قرقی، گونه هایی از اردکها، گونه‌های مختلفی از مارمولکها از شاخصترین گونه‌های جانوری منطقه هستند.
